Khilafat ahmadiyah berdiri tanggal 27 Mei 1908 sehari setelah meninggalnya Mirza Ghulam Ahmad.
Sebelum Mirza Ghulam Ahmad dimakamkan, anggota ahmadiyah berkumpul, kemudian ditunjuklah Alhajj Hakim Nuruddin menjadi penerus Mirza Ghulam Ahmad untuk mengemban missi ahmadiyah, menyebarkan pesan islam ahmadiyah ke seluruh dunia dan membina seluruh anggotanya. Sebelum kewafatannya Mirza ghulam Ahmad menulis sebuah buku yang berisi pemberitahuan mengenai kewafatannya yang sudah dekat dan ia juga menata metodologi kerohanian, keuangan, dan operasional jamaahnya dalam buku yang berjudul alwasiyat. Di dalamnya berisi wasiyat bagi seluruh warga ahmadiyah dan petunjuk-petunjuk bagi masa depan ahmadiyah. Mengenai khilafat itu bahkan Ghulam Ahmad menulis:
“… adalah penting bagi kalian untuk menyaksikan Manifestasi (madzhar) kedua juga, dan kedatangannya lebih baik bagi kalian karena ini kekal, kelangsungannya tidak akan berakhir sampai hari kiamat. Dan Manifestasi kedua tidak bisa datang kecuali aku pergi. Tapi ketika aku pergi, Allah akan mengirim Manifestasi kedua itu bagi kalian, yang akan selalu tinggal bersama kalian seperti yang dijanjikan oleh Allah dalam Barahin Ahmadiyah. Dan janji ini bukan untukku. Sebaliknya janji ini adalah untuk kalian, sebagaimana Allah [berbicara kepadaku] berfirman: Aku akan menjadikan Jemaat ini yang merupakan pengikutmu, menang atas yang lain sampai hari kiamat. [Al Wasiyyat]
Khilafatnya yang kini dijabat Hazhrat Mirza Masroor Ahmad (khalifah ke 5 dalam silsilah Ahmadiyah) telah membawahi 200 keamiran di 200 negara di seluruh dunia dengan pengikut lebih dari 200.000.000 orang hampir sama dengan penduduk Indonesia. Jika seluruh anggota ahmadiyah ini terkumpul di suatu tempat tak pelak lagi sudah bisa menjadi sebuah negara sendiri, tapi itu tidak dilakukan oleh Ahmadiyah karena gerakannya yang mengharamkan politik. Seluruh pengikut Ahmadiyah di dunia dianjurkan untuk taat dan patuh pada pemerintahan dimanapun mereka tinggal.
Dalam memilih khalifahnya pun ahmadiyah jauh dari hingar bingar kampanye dan segala sesuatu yang berbau politik. Begitu seorang khalifah meninggal maka satu atau dua hari segera berkumpul perwakilan ahmadiyah dari seluruh dunia guna memilih khalifah pengganti. Uniknya mereka memilih tanpa mengetahui terlebih dahulu kandidat-kandidat yang akan dipilih. Begitu perwakilan dari seluruh dunia yang berhak memilih dan dipilih sebagai khalifah berkumpul di suatu tempat, barulah dipersilahkan mengusulkan nama-nama untuk dipilih. Nama-nama itu diusulkan secara mendadak. pribadi yang diusulkanpun bukanlah orang yang mengusulkan dirinya atau seseorang yang menginginkan jabatan khalifah itu. Begitu nama-nama itu didapat barulah diadakan voting tanpa banyak perkenalan mengenai kandidat. Yang memperoleh suara terbanyak itulah yang diangkat sebagai khalifah, yang kemudian mengambil sumpah baiat dari seluruh anggota ahmadiyah di seluruh dunia.
Menarik, menjelang pemilihan khalifah seluruh anggota ahmadiyah dan perwakilan ahmadiyah yang menjadi panitia pemilihan khalifah dari seluruh dunia hanya diinstruksikan untuk berdoa dan tidak diperkenankan membicarakan siapa yang hendaknya dipilih menjadi khalifah.
Cara itu telah berlangsung selama lima periode pemilihan khalifah, selama itu juga jarang terdengar keberatan atau protes kepada khalifah. Tidak ada keberatan mengenai sikap khalifah, keberatan mengenai kepemimpinannya atau lain sebagainya. keberatan terhadap seorang khalifah pernah terjadi hanya pada khalifah ahmadiyah yang kedua Basyiruddin Mahmud Ahmad. Keberatan itu muncul dari kelompok Ahmadiyah Lahore yang menganggap bahwa lembaga khilafat tidak diperlukan setelah Mirza Ghulam Ahmad. Mereka beranggapan hanya anjuman ahmadiyah lah yang seharusnya tegak bukan khilafat. Tapi keberatan itupun tak meruntuhkan khilafat ahmadiyah.
Khalifah ahmadiyah yang sudah dijabat 5 kali secara bergantian itu pun selalu dijabat seumur hidup. Tercatat: AlHajj Hakim Nuruddin, Basyiruddin Mahmud Ahmad, Mirza Nasir Ahmad dan Mirza tahir Ahmad menjabat khalifah seumur hidup hingga kematian mereka. Belum ada dalam sejarah ahmadiyah seorang khalifah diberhentikan atau diturunkan dari jabatannya sebelum kematiannya.
Unik, disaat umat islam berusaha menegakkan lagi lembaga khilafat dan selalu menemui dinding penghalang ahmadiyah justru berhasil menghidupkan lembaga itu dengan caranya sendiri. Hizbut tahrir yang sudah melakukan expansi kebeberapa negara islam pun hingga hari ini belum berhasil menegakkan khilafat. Hanya slogan khilafat yang mereka perdagangkan. Bak memperdagangkan barang yang belum terwujud.
Arab Saudi pun yang memiliki pengaruh besar di dunia Islam juga kekayaan yang melimpah tak sanggup merangkul dunia Islam untuk menegakkan khilafat. Keinginan raja Saudi untuk menjadi khalifah pun hingga kini hanya menjadi kisah pengantar tidur.
